Die Gesellschaft für Zeitgeschichte e.V. kooperiert mit
- Aufarbeitungsinitiativen im Geschichtsverbund Thüringen und darüber hinaus,
- Bildungsträgern wie der Landeszentrale für Politische Bildung, der Evangelischen Erwachsenenbildung Thüringen, der Evangelischen Akademie in Neudietendorf, der Europäischen Jugendbildungsstätte in Weimar und der Evangelischen Stadtakademie „Meister Eckart“ Erfurt, dem Bund Evangelischer Jugend in Mitteldeutschland, der Begegnungsstätte „Kleine Synagoge“ in Erfurt, dem Erinnerungsort Topf & Söhne,
- der Bundesbeauftragten für die Stasi-Unterlagen und den Außenstellen in Erfurt, Suhl und Gera
- dem Thüringer Landesbeauftragten für die Aufarbeitung der SED-Diktatur (früher Landesbeauftragter für die Stasi-Unterlagen).